A Juan Lobato no lo apreciaron nunca, o no mucho, o, al menos, no lo apreciaron aquellos con capacidad de decidir en la cúpula del PSOE. En la calle de Ferraz, en la sede federal del partido centenario, siempre se desconfió del militante socialista, técnico de Hacienda y alcalde con mayorías absolutas en la localidad madrileña de Soto del Real. A su esforzada oposición, su conocimiento exhaustivo de la región, su afán constante de ofrecer alternativas a las políticas del Ejecutivo regional, siempre se le añadía desde Ferraz, para justificar la desconfianza, un exceso de heterodoxia, reflejada en desacuerdos con políticas del gobierno. No tantos, en realidad, salvo en las cuestiones más controvertidas, en beneficio de los independentistas catalanes. Pero Lobato sí gustaba de resaltar que el PSOE “no es una secta” y que en su seno puede haber opiniones diversas, manifestadas dentro de la lealtad.
